Антитела и рецепторы Т-клеток варьируют от одной клетки к другой, а белки МНС меняются от одного человека к другому.

Белки МНС – это самые разнообразные из всех белков, не считая иммуноглобулинов и рецепторов Т-клеток.

Известны три класса белков главного комплекса гистосовместимости.

У белков класса I молекула состоит из двух полипептидных цепей – большой (размером с тяжелую цепь иммуноглобулинов, молекулярная масса 45000, гликопротеид) и связанной с ней гораздо меньшей по размеру субединицей, называемой b2-микроглобулином (структурный гомолог константного домена тяжелой цепи иммуноглобулинов, полипептид молекулярной массой 12 000). Белки МНС класса I найдены на поверхности практически всех клеток.

Белки главного комплекса гистосовместимости класса II, напротив, есть на поверхности только некоторых клеток иммунной системы, таких как В-лимфоциты, макрофаги и специализированные эпителиальные клетки.

У этих белков молекула также состоит из двух полипептидных цепей, но примерно равных по размеру (a- 33000 и b-цепь 28000).

Гены, кодирующие белки С2, С4 и фактор В, расположены в комплексе МНС и обозначаются как гены класса III.(Обозначенные факторы системы комплемента участвуют в образовании С3 конвертаз, активирующих последующий каскад реакций).

Отторжение чужой ткани вовсе не основное предназначение белков МНС. Истинная их роль состоит в направлении реакции Т-клеток на антиген. Т-клетки узнают одновременно антиген и белки МНС, находящиеся на поверхности одной клетки. Необходимость двойного стимулирования называется МНС-ограничением.

Цитотоксические Т-клетки (эффекторные клетки, клетки-убийцы) реагируют на антиген вместе с белками МНС класса I, а Т-хелперам требуются белки МНС класса II.

Результатом МНС-ограничения активность Т-клеток направляется на клетки своего собственного организма, а не на бактерии или свободные антигены.

Считается, что цитотоксические Т-клетки возникли для защиты от вирусной инфекции. Когда вирус попадает в клетку, белок его оболочки остается на клеточной мембране. В результате заражения клетка приобретает еще один маркер в дополнение к её собственным, что необходимо для атаки Т-клетками:на поверхности клетки есть и чужой антиген и белок МНС – белок иммунологической индивидуальности. Цитотоксическая Т-клетка, узнав вирусный антиген рядом со своим белком МНС класса I, уничтожает зараженную клетку, прежде чем вирус успеет в ней реплицироваться.

Т-хелперы активируются клетками, представляющими антиген, которые захватывают свободные антигены и экспонируют их на своей поверхности вместе с белками МНС класса II – макрофагами и В-лимфоцитами. Именно макрофаги и В-лимфоциты несут на своей поверхности белки МНС класса II, вероятно, это и позволяет им взаимодействовать с Т-хелперами в ходе иммунного ответа. Предполагается, что взаимодействие осуществляется с помощью одного (а не двух!) рецептора двойного распознавания, хотя у данной теории имеются и противники.