Паліндромні тетра- та гексануклеотидні сайти впізнавання та розщеплення рестриктазами

 

AATT

ACGT

AGCT

ATAT

CATG

CCGG

CGCG

CTAG

GATC

GCGC

GGCC

GTAC

TATA

TCGA

TGCA

TTAA

▼ □ □ □ □

MboI

▼ □ □ □ □

HpaII

SciNI

TogI

▼ □ □ □ □

AlvI

FnuDII

DpnI

HaeIII

RsaI

▼ □ □ □ □

HhaI

▼ □ □ □ □

▼ А □ □ □ □ T

HindIII

AftIII

MluIAftIII

BglII XhoII

▼ А □ □ □ □ T

ClaII

▼ А □ □ □ □ T

StuI HoeI

ScaI

▼ А □ □ □ □ T

▼ А □ □ □ □ T

NspCI

HoeII

▼ C □ □ □ □ G

NcoI

XmaI AvaI

AvrII

XmaIII GdiII СfrI

XhoI AvaI

AfIII

▼ C □ □ □ □ G

NdeI

▼ C □ □ □ □ G

PvuII NspBII

SmaI

NspBII

▼ C □ □ □ □ G

SacII

PvuI

 

 

Таблиця 4 (продовження)

AATT

ACGT

AGCT

ATAT

CATG

CCGG

CGCG

CTAG

GATC

GCGC

GGCC

GTAC

TATA

TCGA

TGCA

TTAA

▼ G □ □ □ □ C

EcoRI

BsePI

BamHI XhoII

HgiCI

HgiCI

SalI

▼ G □ □ □ □ C

AhaII AcyI

NarI AhaII AcyI

AccI

AccI

▼ G □ □ □ □ C

EcoRV

NaeI

HindII

HpaI HindII

▼ G □ □ □ □ C

▼ G □ □ □ □ C

AatII

SacI HgiAI HgiJII

NspCI SphI

BdeI HaeII

ApaI HgiJII

KpnI

HgiAI

▼ T □ □ □ □ A

XbaI

BclI

CfrI

▼ T □ □ □ □ A

AsuII

▼ T □ □ □ □ A

NruI

MstI

BalI HaeI

AhaIII

▼ T □ □ □ □ A

▼ T □ □ □ □ A

 

Примітка. Послідовності у верхньому рядку кожної колонки приведені, як прийнято, у напрямку 5′→ 3′. Порожні квадратики в лівій частині кожного рядка позначають позиції нуклеотидів у послідовностях, приведених у першому рядку. Ферменти, назви яких виділені жирним шрифтом, впізнають тільки одну послідовність; ферменти, назви яких надруковані світлим шрифтом, впізнають декілька послідовностей.

 

Таблиця 5

Паліндромні пентануклеотдні сайти.

 

AA□TT

AC□GT

AG□CT

AT□AT

CA□TG

CC□GG

CG□CG

CT□AG

GA□TC

GC□GC

GG□CC

GT□AC

TA□TA

TC□GA

TG□CA

TT□AA

▼ □ □ N □ □

▼ □ □ N □ □

DdeI

HinfI

AsuI

▼ □ □ N □ □

ScrFI

Fnu4HI

▼ □ □ N □ □

▼ □ □ N □ □

▼ □ □ N □ □

▼ A □ □ T □ □

EcoRII

▼ A □ □ T □ □

AvaII

▼A □ □ T □ □

BstNI

A▼ □ □ T □ □

A ▼ □ □ T □ □

A ▼ □ □ N □ □

▼ G □ □ C □ □

▼ G □ □ C □ □

▼G □ □ C □ □

NclI

G▼ □ □ C □ □

G ▼ □ □ C □ □

G ▼ □ □ C □ □

Таблиця 6

Ферменти з багатьма сайтами розпізнавання.

 

AccI AcyI AftIII AhaI AraI CfrI

GT↓AGAC GT↓ATAC GT↓CGAC GT↓CTAC GA↓CGCC GA↓CGTC GG↓CGCC GG↓CGTC A↓CATGT A↓CGTGT A↓CACGT A↓CGCGT GG↓CGCC GG↓CGTC GA↓CGCC GA↓CGTC C↓CCGAG C↓CCGGG C↓TCGAG C↓TCGGG C↓GGCCG C↓GGCCA

GdiII HaeI HaeII HgiAI HgiCI HgiJII

T↓GGCCG T↓GGCCA C↓GGCCG T↓GGCCG AGG↓CCA AGG↓CCT TGG↓CCA TGG↓CCT AGCGC↓C AGCGC↓T GGCGC↓C GGCGC↓T GAGCA↓C GAGCT↓C GTGCA↓C GTGCT↓C G↓GCACC G↓GCGCC G↓GTACC G↓GTGCC GAGCC↓C

HindII NspBII NspCI XhoII

GAGCT↓C GGGCC↓C GGGCT↓C GTC↓AAC GTC↓GAC GTT↓AAC GTT↓GAC CAG↓CTG CCG↓CTG CCG↓CGG CAG↓CGG ACATG↓C ACATG↓T GCATG↓C GCATG↓T A↓GATCC A↓GATCT G↓GATCC G↓GATCT

Ферменти, для яких положення сайта розщеплення невідомо:

AvaIII ATGCAT

EcoDXI ATCA(N), ATTC

HgiEII ACCNNNNNNGCT

HinfIII CGAAT(25)*

G C

SduI G(A)GC(A)C

T T

SnaI GTATAC

 

*Число 25 означає, що розщеплення відбувається приблизно на відстані 25 нуклеотидів від сайта розпізнавання в 3′-напрямку.

Ферменти, які розпізнають розірвані паліндроми:

BglI GCCNNNN↓NGGC

BstEII G↓GTNACC

MstII CC↓TNAGG

SauI CC↓TNAGG

TthlllI GACN↓NNGTC

XmnI GAANN↓NNTTC

Ферменти, які розпізнають октануклеотидні послідовності:

NotI GC↓GGCCGC

SfiI GGCCNNNN↓NGGCC

Ферменти, які розпізнають непалендромні послідовності*:

BbvI GCAGC(N)8