Мономорфные ДНК-маркеры

STSs-маркеры (от англ. sequence tagged sites). Первая попытка систематизации ДНК-маркеров была предложена в 1989 году Ольсоном с соавторами [65]. Им была сформулирована идея создания системы STS-маркеров, которая была призвана стандартизовать все обозначения маркированных последовательностей ДНК в геноме и включить в себя все типы картированных последовательностей. Первоначально STS-маркеры создавались на основе различных технологий, но впоследствии был осуществлен перевод практически всех STSs на основу ПЦР для более удобного использования. Основные требования к STSs - знание их нуклеотидной последовательности и уникальность в геноме. STSs можно рассматривать как мономорфные ДНК-маркеры, поскольку их используют в экспериментах, где наличие полиморфизма не требуется, в таких, например, как построение физических карт геномов или выявление тестируемых последовательностей в рекомбинантных клонах или генетически модифицированных организмах.

"Перевод" всех обозначений на язык STS позволил анализировать данные по маркерам через базы данных и оптимизировать процесс "насыщения" маркерами физических карт геномов человека и животных. Создание единой базы данных для STS-маркеров способствовало лучшему взаимодействию разных лабораторий и увенчалось, в конечном итоге, построением тонких физических карт хромосом и секвенированием геномов человека и ряда других объектов [см. компьютерные базы данных: NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/), Genethon (carbon.wi.mit.edu:8000/cgi-bin/contig/phys_map), CEPH-Genethon (www.cephb.fr/bio/ceph-genethon-map.html), GDB (Genome Data Base) (http://www.gdb.org/), и др.].

EST-маркеры (от англ. "Expressed Sequence Tags") являются одной из разновидностей STSs и представляют собой маркеры к экспрессирующимся последовательностям генома (генам). Основным источником информации для создания EST-маркеров является использование нуклеотидных последовательностей комплементарных ДНК, получаемых с помощью обратной транскриптазы на основе мРНК, изолированных из разных тканей и представляющих экспрессирующиеся в этих тканях гены (кДНК). ESTs используются для построения транскрипционных карт геномов, выявления тестируемых генов, поиска новых генов
[см.базу данных: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/].

NotI-STS-маркеры содержат последовательности, примыкающие к сайтам узнавания рестриктазы NotI (5'GCGGCCGC3'). Эти маркеры удобны для построения макрорестрикционных карт человека и животных, поскольку NotI-сайты относительно равномерно распределены в их хромосомах и локализованы в ГЦ-обогащенных последовательностях (CpG-островках), которые, как известно, присутствуют в 5'-областях генов, являются сайтами метилирования и участвуют в регуляции экспрессии генов [7, 15]. Было показано, что более 90% NotI-STSs имеют полную или частичную гомологию с известными генами человека и других организмов [79]. Таким образом, NotI-STSs маркируют гены человека и являются удобными маркерами как для локализации и выделения известных генов, так и для поиска новых ранее не описанных генов. По своей информативности NotI-STSs, как маркеры генов, не уступают ESTs. Высокий консерватизм NotI-STSs позволяет использовать маркеры, созданные на основе нуклеотидной последовательности генома человека, для картирования геномов и поиска генов у других объектов [98].