Секвенування нуклеїнових кислот

Секвенування (визначення нуклеотидної послідовності) молекул нуклеїнових кислот. Загальні підходи до визначення первинної структури біополімерів. Роботи Ф.Сенджера. Використання методів фракціонування нуклеїнових кислот в поліакриламідних гелях під час секвенування нуклеїнових кислот.

Методи визначення нуклеотидної послідовності РНК. Характеристика РНКаз, що використовуються при секвенуванні РНК. Специфічне розщеплення РНК на великі фрагменти. Метод часткового розщеплення РНК-азами термінально мічених РНК. Метод формамідного гідролізу з ідентифікацією новоутворених 5' - кінцевих ділянок. Метод специфічного хімічного розщеплення РНК. Непряме секвенування РНК через синтез кДНК.

Методи визначення нуклеотидної послідовності ДНК. Метод секвенування ДНК за допомогою специфічного хімічного розщеплення ( метод Максама і Гілберта). Отримання субстратів для цього методу. Характеристика реакцій, які використовуються для специфічної фрагментації ДНК.

Секвенування ДНК методом полімеразного копіювання Сенджера (метод термінуючих аналогів нуклеотидів). Характеристика векторів для секвенування ДНК.

Гібридизація як метод виявлення специфічних послідовностей нуклеотидів. Гібридизація за Саузерном. Концепція STS-маркерів. Комп’ютерний аналіз нуклеотидних послідовностей. Електронна ПЛР.

Підготовка матриць для полімеразного копіювання. Переваги і недоліки вказаних методів. Альтернативні техніки секвенування (використання скануючої тунельної мікроскопії, секвенування за допомогою молекулярної гібридизації).

Стратегії секвенування всього генома окремих організмів. Секвенування кДНК. Етапи секвенування великих ділянок ДНК.

Принцип автоматичного секвенування ДНК. Аналіз даних секвенування. Бази даних секвенованої ДНК. Приклади секвенування ДНК окремих хромосом та геномів. Геноміка, транскриптоміка, протеоміка.

 

Клонування генів. Створення бібліотек генів. Векторні системи

Клонування як один з методів виділення та ідентифікації фрагментів ДНК, а також одержання їх у необмеженій кількості. Використання виділених та ідентифікованих фрагментів у молекулярному аналізі, в якості ДНК-зондів, для створення бібліотек генів.