Принципиальные недостатки слогового письма по сравнению с буквенно-звуковым гораздо существеннее.

Первый и важнейший недостаток слогового письма обусловлен тем, что в подавляющем большинстве языков количество разных слогов значительно больше, чем количество разных звуков. Поэтому слоговые системы письма требуют для точной передачи речи, как правило, большего количества разных знаков. В буквенно-звуковых системах количество разных знаков (букв) колеблется от 20 до 40, превышая этот предел лишь в немногих языках (например, в некоторых северокавказских); в слоговых системах количество разных знаков колеблется от 35 - 40 до 200 (не включая сюда лигатур). При этом возможность обходиться даже таким числом знаков нередко достигается в слоговых системах за счет использования особых искусственных приемов (диакритических значков, лигатур и т. п. - см. ниже). Этот недостаток слогового письма не ощущается лишь в немногих языках, обладающих ограниченным количеством разных слогов (например, в японском).

В особенности большое число разных знаков необходимо для тех слоговых и лигатурно-звуковых систем (см. выше), в которых знаки могли обозначать любые слоговые сочетания. В этих системах - переднеазиатских клинописных (кроме персидской), майя, лигатурно-звуковой корейской - количество разных знаков измерялось несколькими сотнями.

Второй недостаток слоговых систем - трудность передачи смежных и конечных согласных. Недостаток этот обусловлен тем, что в большинстве слоговых систем (кроме перечисленных в предыдущем абзаце) знаки обозначали изолированные гласные и сочетания согласный плюс гласный, а в индийских системах - даже только-изолированные гласные либо сочетания согласный плюс гласный а. Поэтому в этих системах для передачи смежных и конечных согласных (а в индийских системах для передачи сочетаний согласный плюс какой-либо иной гласный, кроме а) необходимо было или создавать огромное количество лигатурных знаков (индийские системы), или мириться с неточной передачей речи (эфиопское письмо) , или же использовать одни и те же знаки не только со слоговым, но и с консонантно-звуковым значением (персидско-ахеменидское письмо). Указанные трудности не возникали лишь для немногих слоговых систем, служивших для передачи языков, в которых господствовали законы открытых слогов и недопустимости смежных согласных. К таким слоговым системам относились японская кана и, вероятно, критско-минойское и кипрское письмо.

Рассмотрим эти положения на примерах отдельных слоговых, систем.