Монголо-татарское нашествие. Башкирский край в составе Золотой Орды, Казанского, Сибирского ханств и Ногайской Орды.
Приблизительно два столетия на землях Южного Урала присутствия кочевых племен не отмечалось. Во многом это связано с утверждением на этих землях оседлых русов. Лишь в начале XIII в. в регионе Южного Урала появляются монголы. В 1236 г. войско хана Батыя пересекло Волго-Уральские степи и двинулось на завоевание Европы. Башкирские земли, лежащие между Волгой и Уралом, были покорены в XIII в. и зависели от ханов Казанского и Астраханского царств. Монголо-татары на Нижней Волге основали новое государство — Золотую Орду. Приуральские степи стали частью его территории и находились под властью Золотой Орды более двух веков. Местное население - башкиры платили ясак ногайским, казанским и сибирским ханам. Золотая Орда вела постоянные войны со своими соседями. Богатые природные условия края манили кочевые племена, в том числе и южных соседей — казахов Младшего казахского жуза, чьи кочевья достигали летом Южного Урала. У берегов реки Сакмар (приток реки Урал) армия Тимура-завоевателя (Тамерлана) нанесла серьезные поражения хану Золотой Орды Тохтамышу. В этот период происходит ассимиляция скандинавов-русов в славяно-русский этнос, а в условиях их службы ханам Золотой и Белой Орды проходил процесс зарождения казачьей общины.
В XIII—XIV веках вся территория расселения башкир находилась в составе Золотой Орды. Башкиры получают право бийства (ярлыки), то есть фактически территориальную автономию в составе империи монголов. В правовой иерархии монгольского государства башкиры занимали привилегированное положение как народ, обязанный каганам прежде всего военной службой и сохраняющий собственную родоплеменную систему и управление, в правовом отношении возможно вести речь лишь об отношениях сюзеренитета-вассалитета, а не «союзных».
Со времен образования Золотой Орды в 1243 году и вплоть до 1391 года, то есть полтора столетия, на территории исторического Башкортостана функционировали два «иля» — Башкирский и Табынский, управляемые своими князьями — биями[7].
В июне 1391 года при реке Кондурче состоялась «Битва народов». В сражении столкнулись армии двух мировых держав того времени: хана Золотой Орды Тохтамыша и эмира Самарканда Тимура (Тамерлана). Битва закончилась поражением золотоордынцев, разрушением множества городов и положила конец Золотой Орде.
После распада Золотой Орды башкиры пребывали в составе Ногайской орды, Казанского и Сибирского ханств.
Важной особенностью истории башкир является то, что на протяжении многих веков они жили по соседству или в составе довольно крупных государственных образований, таких как Тюркский каганат, Хазарский каганат, Дешт-и-Кыпчак, Булгарское ханство, Золотая Орда, что негативно влияло на их политическую консолидацию и заставляло искать, наряду с борьбой против них, другие формы сохранения этнической и территориальной целостности, национальной самобытности. В частности, когда началось татаро-монгольское нашествие, башкиры после упорного сопротивления вынуждены были пойти на соглашение с завоевателями и признать верховную власть их хана. Это позволило им добиться определенной автономии в составе Золотой Орды.
После распада Золотой Орды башкирские племена пребывали в составе Ногайской орды, Казанского и Сибирского ханств и частично Астраханского ханства. В сложной обстановке середины ХVI в., когда не было реальных условий для создания самостоятельного государства, башкиры нашли верное для того времени решение — принять русское подданство на основе соглашения с правительством царя Ивана Грозного и тем самым обрели возможность для нормального существования.