В лагере контрреволюции
С конца мая 1918 года была полностью восстановлена работа органов властей автономии. Их новым местом размещения стал г. Челябинск.
Башкирским Правительством были установлены связи с антибольшевистскими центрами на востоке страны — Временным Сибирским правительством, Комучем, Оренбургским Казачьим Кругом и другими. 15—17 мая 1918 года в Кустанае состоялось совещание представителей башкирского и казахского национальных движений, где обсуждалось организация совместной контрреволюционной борьбы.
Летом 1918 года Правительство Башкурдистана срочно объявляет всеобщую мобилизацию в Башкирскую армию. Для координации мер по ускорению мобилизации и формированию его структуры, 8 июня 1918 года при Башкирском Центральном Шуро был создан штаб войска — Башкирский военный совет, а также управления кантональных воинских начальников.
11 октября 1918 года Правительство Башкурдистана подписало постановление о создании Башкирского войскового управления. Управление занималось организацией и устройством Башкирского Войска. К нему также передавались офицерский состав и финансовые ресурсы армии. Оно состояло из административного, судного, мобилизационного и хозяйственного отделов. Был учрежден штаб отдельного Башкирского корпуса, а Башкирский Военный совет был оставлен как совещательный орган при правительстве республики[4].
Председателем Башкирского военного совета и начальником Войскового управления являлся член Правительства Башкурдистана, заведующий военным отделом.
Войско состояло из иррегулярных отрядов и регулярных пехотных и кавалерийских полков. С июля 1918 года в состав Башкирского войска входили 4 Башкирских пехотных полка и Башкирский кавалерийский полк, которые в сентябре 1918 года вошли в Башкирский отдельный корпус, состоящий из пяти полков. Его первым командующим назначается генерал-майор Х. И. Ишбулатов.
Предпарламент республики — Кесе-Курултай под председательством Ю. Ю. Бикбова заключил договор с Сибирским правительством по которому Башкирский Корпус в военно-оперативном отношении был в подчинении единого командования Белой армии. Численность Башкирского Войска за 5 месяцев достигла 10-тысячной отметки и далее, несмотря на потери в боях, только увеличивалась.
2-й стрелковый башкирский полк получил от жителей города Екатеринбурга почётное дарственное знамя и полковое знамя.
Наряду со многими важными мероприятиями, особое внимание уделялось созданию военной символики и 13 июля 1918 года Башкирский военный совет издает Фарман (Приказ), где сообщается о назначении Комиссии по выработке единой униформы для башкирских частей, в нём говорится[5]:
«Для выработки формы частей Башкирских войск назначается на 13-е июля сего года под председательством Начальника Штаба 2-й Башкирской Дивизии подполковника Емельянова в составе членов старшего адъютанта Башкирского Военного Совета поручика Мухлио, заведующего Мобилизационного отдела, прапорщика Терегулова и члена Военного Совета Магазова».
В октябре 1918 года Башкирский отдельный корпус был реорганизован в Башкирскую отдельную стрелковую дивизию, а в январе 1919 года — в Башкирский корпус.
А. В. Колчак став Верховным Правителем России, отказался признавать любые проявления национальных автономий. В этих условиях, Башкирское Правительство начало переговоры с представителями Советской власти и в феврале 1919 года появилось его постановление о переходе Башкирского Войска и Башкурдистана на сторону Советской власти, после чего начались совместные военные действия башкирских частей и Красной Армии против белых.
21 февраля 1919 года в селе Темясово состоялся I Всебашкирский военный съезд. На нём участвовали члены Башкирского Правительства и 92 делегата от башкирских полков, избранных на общих собраниях эскадронов и рот. В своем выступлении Гарей Карамышев говорил следующее[6]:
«Башкиры не раз с оружием в руках бились за свою свободу, и не их вина, что русские историки каждое подобное их выступление называли „бунтом“. Это последнее их стремление к самоопределению является 88-м по счёту бунтом»
I Всебашкирский военный съезд официально закрепил переход Башкирского войска и всего Башкурдистана на сторону Советской власти. По его итогам было образовано первое советское правительство республики — Башкирский Революционный Комитет.
Нарушение командованием 1-й армии РККА условий перехода и репрессии, привели к переходу многих из них в состав Русской армии Колчака (2-й батальон 1-го Башкирского стрелкового полка, 1-й Башкирский кавалерийский полк и 3-й эскадрон 2-го Башкирского кавалерийского полка). После обещания советским командованием личной безопасности, часть их возвратилась обратно и вошла в основные в ряды Башкирской отдельной кавалерийской бригады (отряды М. Л. Муртазина и другие). Две тысячи бывших военнослужащих Башкирского войска (лидеры — Мухаммед-Габдулхай Курбангалиев и Галимьян Таган) влились в 1920—1922 гг. в белую эмиграцию на Дальнем Востоке.