Пущен в эксплуатацию Северо-Муйский тоннель. По своей протяженности (15 км 343 м) он является самым длинным тоннелем в России и пятым - в мире.
По условиям строительства тоннель не имеет аналогов: вечная мерзлота, обилие подземных вод, осыпи, обвалы, тектонические разломы. За период строительства было переработано более 2 млн. куб. м грунта, уложено 700 тыс. куб. м монолитного железобетона, смонтировано 70 тысяч тонн металлоконструкций. Глубина тоннеля в некоторых местах достигает 1 км.
До ввода тоннеля поезда следовали по обходной железнодорожной ветке длиной 54 км. Это сопровождалось большими расходами по содержанию пути и обеспечению безопасности движения. Состав был вынужден лавировать между сопками, передвигаясь с минимальной скоростью и рискуя попасть под сход лавины. Открытие Северо-Муйского тоннеля позволил организовать движение по БАМу по кратчайшему и безопасному пути. Ввод тоннеля завершил историю строительства БАМа. Россия получила мощную транспортную артерию с пропускной способностью 15-20 млн. тонн грузов в год, которая в перспективе поможет разгрузить Транссиб, и второй выход к портам Тихого океана.
Открылась первая скоростная пригородная линия Москва - Мытищи.
Время в пути от Москвы до Мытищ сократилось с 35 до 18 минут. Специально для этого маршрута был создан электропоезд нового поколения "Спутник". Это был первый проект ОАО "РЖД" по организации скоростного пригородного сообщения. Сегодня эта технология успешно распространяется.
Реконструкция стратегически важных петлевых тоннелей на участке Северо-Кавказской магистрали, который проходит по Черноморскому побережью. Поездка к морю стал быстреее и безопаснее.
19 мая 2006 года на станции Индюк (участок Армавир - Туапсе) Северо-Кавказской магистрали состоялось торжественное открытие после реконструкции Большого петлевого тоннеля. Инвестиции РЖД в этот проект составили 2,8 миллиарда рублей. Открытием этого объекта завершилась работа по реконструкции трех стратегически важных железнодорожных тоннелей на юге России: Малого, Среднего и Большого петлевого тоннелей. В результате повысится скорость доставки пассажиров на курорты Черномоского побережья и безопасность движения.
Тоннели, пробитые через Главный Кавказский хребет в 1913 году, называли "царскими". Петлевые тоннели пересекают отроги Главного Кавказского хребта при развитии трассы железной дороги в виде петли. Сооружение открытых обходов в этом районе невозможно.
В планах СКЖД - реконструкция Навагинского тоннеля, которая уже начата. На очереди – Ходыженский и Гойтхский тоннели. Продолжается начатая в 2005 году реконструкция Большого и Малого Новороссийских тоннелей. В текущем году в эти работы будет инвестировано более 1,5 миллиарда рублей.
2006-2007 - перевод участка Минеральные Воды - Кисловодск на переменный ток.
Александр I указом от 24 апреля 1803 года закрепил за регионом Кавказских Минеральных Вод статус курорта. Регулярное железнодорожное движение, соединяющее курортные города, было открыто в мае 1894 года. Строительство железной дороги вдохнуло новую жизнь в минераловодские курорты и значительно увеличило количество отдыхающих.
В 1936-м участок был электрифицирован. Все линии тогда работали на постоянном токе. Впоследствии остальные участки тоже были электрифицированы, но сразу стали работать на переменном токе. И только самый первый район протяженностью 64 километра продолжал функционировать по-прежнему. Это создавало немало сложностей: на ст. Минеральные Воды приходилось отцеплять электровозы переменного тока от пассажирских составов и менять их на локомотивы, работающие на токе постоянном. В связи с этим увеличивалось время стоянки поездов и общее время нахождения в пути.
В 2006 году начались работы по переводу участка Минеральные Воды - Кисловодск на переменный ток. Для этого было выделено 450 миллионов рублей. В условиях интенсивного движения пассажирских и пригородных поездов был выполнен значительный объем работ: заменено более 16 тысяч изоляторов и 450 опор контактной сети, смонтировано 16,5 км фидерных линий и 29 воздушных промежутков, реконструирована тяговая подстанция Минеральные Воды, смонтирована передвижная тяговая подстанция переменного тока на территории подстанции Ессентуки. Выполнено переустройство автоблокировки на перегонах и электрической централизации на станциях под электротягу переменного тока. Для этого были изготовлены передвижные модули на станциях Скачки, Подкумок и Кисловодск и реконструированы существующие посты электрической централизации на станциях Лермонтовская и Ессентуки.
В этом году на продолжение работ предусмотрено более 1 млрд. рублей.
В результате значительно увеличится скорость доставки пассажиров на отдых в санатории Кавминвод. Жители и гости КМВ смогут добираться, например, из Кисловодска до Краснодара или Ростова на ускоренной электричке без пересадок. Снизятся эксплуатационные расходы на содержание устройств инфраструктуры железнодорожного транспорта – более чем на 30 миллионов рублей в год. Планируется также организация интермодальных перевозок до аэропорта Минеральные Воды.
2007 - разработка "Стратегии развития железнодорожного транспорта до 2030 г."
Началось производство первого высокоскоростного электропоезда Velaro RUS. Планируется, что в конце 2009 года такие поезда начнут курсировать по маршруту Москва - Санкт-Петербург со скоростью 250 километров в час.
20 июля в Германии (Крефельд-Юрдинген) состоялась торжественная церемония запуска производства первого высокоскоростного электропоезда Velaro RUS. Договор о поставке ОАО "РЖД" 8 электропоездов Velaro RUS производства компании "Сименс" стоимостью 276 млн. евро был подписан в мае 2006 года. Кроме того, Сименс обеспечит техническое обслуживание этих поездов в течение 30 лет. Общая стоимость контракта составляет около 600 млн. евро.