Государство Аштарханидов.
После гибели Шейбанида Абдулмумина в стране усилились феодальные междоусобия. Иранцы усмотрели в этом благоприятный случай, чтобы завоевать обратно области, отнятые у них Шейбанидами. Шах Аббас взял Сабзевар и Мешхед, а позже —Герат. В Балхе, при содействии шаха, правителем стал его ставленник. На севере, из района Ташкента, вторгся казахский султан Тевеккель При помощи больших сил казахов, моголов и калмыков он завладел Самаркандом, но при попытке захватить Бухару потерпел поражение. Неудача этого похода не остановила бы Тевеккеля, если бы он не получил в битве между Самаркандом и Бухарой тяжелой раны, от которой умер в Ташкенте около 1599 г. Эмиры шейбанидского государства решили избрать ханом проживавшего в Бухаре выходца из Астрахани, царевича Джанибек-султана, женатого на сестре Абдулла-хана и считавшегося поэтому в родстве с Шейбанидами. Джанибек отказался от предложенного ему престола. Тогда эмиры избрали старшего сына Джанибека, Дин-Мухаммеда, находившегося в Абиверде, осажденном иранцами. Но Дин-Мухаммед погиб по пути в Бухару.
Затем бухарские эмиры избрали ханом его брата Баки-Мухаммеда, а третьего сына Джанибека— Вали-Мухаммеда объявили наследником и, согласно обычаю, отправили наместником в Балх. Так, с 1599 г. начала свое правление новая узбекская династия в Мавераннахре, получившая название аштарханидской, то есть астраханской, другое название которой — «Джаниды» произошло от имени их родоначальника — Джанибека. Развитие крупного землевладения главарей узбекских: племен на базе их «юртов», пожалований и прямого захвата сделало их настолько сильными и самостоятельными, что ханы аштарханидской династии оказались в полной зависимости от своих вассалов. Даже самое избрание хана из семьи Джанибека объясняется тем, что вассальные эмиры стремились посадить на ханский трон людей, не связанных прочными узами с узбекскими племенами, составлявшими основную военную силу. В связи с этим ханы не имели возможности действовать самостоятельно без согласия и поддержки эмиров и высшего мусульманского духовенства, входившего в правящую группу феодалов.
После смерти в 1605 г.Баки-Мухаммеда на престол был возведен его брат, балхский наместник Вали-Мухаммед (1605—1611 гг.). Вскоре в Бухаре составился заговор против Бали-Мухаммеда, и бухарская знать решила посадить на его место Имамкули-хана (1611 —1642 гг.).Вали-Мухаммед-хан, узнав о заговоре, бежал с двумя своими сыновьями в Иран под защиту шаха Аббаса, который дал ему значительные военные силы для возврата утраченной власти. Приближение иранских войск вызвало в Бухаре растерянность. Однако узбеки разбили шахское войско, захватили в плен и убили Вали-Мухаммеда. В борьбе с иранцами и Вали-Мухаммедом Имамкули-хану помогли казахи из Ташкентского района. Вскоре ему, однако, пришлось защищать свои владения от набегов недавних союзников. В 1613 г. Имамкули удалось разбить казахов, овладеть Ташкентом и посадить там наместником своего сына Искандера. Но едва Имамкули ушел из Ташкента, как жители, возмущенные поборами и притеснениями, восстали и убили царевича.
В отмщение за смерть сына Имамкули поклялся, что по взятии Ташкента он не прекратит избиение горожан до тех пор, пока кровь не дойдет до стремени его коня. После месяца осады Ташкент был взят, и бухарцы произвели в нем такую резню населения, что даже начальники собственного войска Имамкули стали просить хана прекратить избиение ни в чем не повинных людей, но он заявил, что не может нарушить данной им клятвы.
Тогда ташкентские законоведы предложили хану въехать на коне в водоем, где бы вода, окрашенная кровью убитых, доходила до стремени его коня. Тем самым хан выполнил свою клятву и приказал прекратить избиение горожан. В правление Имамкули государству Аштарханидов пришлось иметь дело и с каракалпаками, по-видимому, особенно близко продвинувшимися к границам бухарских владений. При описании разгрома каракалпаков войсками Имамкули в Каратау историки упоминают, наряду с каракалпаками, и калмыков. Калмыки, или ойраты, — многочисленный народ тюрко-монгольского происхождения — обитали сначала на территории между Сибирью и Кашгаром -и от Алтая, до р. Или.
Продвигаясь в XVI в. на запад, калмыки столкнулись с казахами, и вступили с ними в кровопролитные войны. В зиму 1603—1604 гг. калмыки совершили свое первое нападение на Хорезм. При Имамкули выступления калмыков против Мавераннахра усилились. Это был сильный кочевой народ, против которого хану пришлось совершить несколько- походов. Успешные войны с кочевниками укрепили положение Имамкули. Его продолжительное, более чем тридцатилетнее правление было временем сравнительного усиления ханской власти в Бухаре. Имамкули удавалось сдерживать враждебные выступления феодалов, однако укрепление государственной власти было только кажущимся.
По мере развития феодального землевладения и сосредоточения обширных владений в руках эмиров, усиливалось и политическое значение узбекской феодально-родовой знати. Правителями областей стали назначаться по преимуществу эмиры тех племен, юрт которых составляла та или иная область. Благодаря этому росли центробежные силы, способствовавшие разложению и распаду государства, но при Имамкули-хане эти явления еще не получили полного развития. Преемник Имамкули, его брат Надир-Мухаммед (1642— 1645 гг.), человек весьма надменный и алчный, своими притеснениями вызвал общее недовольство. На третьем году его правления казахи в своем очередном набеге на Мавераннахр дошли до Ходжента. Надир-Мухаммед для изгнания их послал туда значительное войско под начальством своего сына Абдулазиза. Во время похода в Ходженте Абдулазиз был провозглашен ханом.
Надир, узнав о происшедшем, поспешно отправился в Балх, а Абдулазиз выступил в Бухару, где его избрание было окончательно санкционировано знатью (правил с 1645 по 1680 г.). Надир обратился за помощью к Бабуриду (Династия, основанная Тимуридом Бабуромв Индиии правившая там в 1526—1858 гг., вошла в историю -под названием «Великие моголы») Шах-Джехану (1627— 1658 гг.). Последний, желая отомстить Надиру-Мухаммеду за систематические набеги на Кабул, во время которых было захвачено большое количество богатств и пленных и, в случае узбекских племен.
Борьба между сыновьями Субхан-кули за балхское наместничество сопровождалась убийствами и переворотами, в ней принимали деятельное участие местные эмиры, опиравшиеся на свои племенные ополчения. В один из своих набегов (1680г.) хивинцы достигли окрестностей Бухары, опустошили округа Кермине и Варданзи и овладелиСамаркандом, где знать города согласилась возглашать в хутбе имя Ануша-хана и чеканить монету с его именем, причем большая часть эмиров Бухары, недовольных Субханкули, удалилась в свои племена и подняла против него возмущение. Только с помощью правителя Бадахшана, аталыка Махмуд-бия из племени катаган, Субханкули удалось прогнать хивинцев из Самарканда. Но после их ухода положение населения сильно опустошенных и разоренных областей оказалось едва ли не хуже, чем при них. Субханкули беспощадно мстил самаркандцам, допустившим вторжение Ануша-хана в их область и провозгласившим его своим ханом. Тем временем стали поступать доносы на сына Субханкули, наместника БалхаСиддик-Мухаммеда; его обвиняли в намерении восстать против отца.
Субханкули в 1681 г. выступил походом на Балх. Мятежный сын встретил отцовские войска оружейным огнем и стрелами с крепостных стен и башен, но, получив от отца письменное заверение в помиловании, вышел из города ему навстречу; после свидания они оба вступили в Балх. Там Субханкули приказал арестовать сына и заковать в цепи, а его приближенных, способствовавших мятежным замыслам, предать мучительной казни. Погиб в тюрьме и Сиддик-Мухаммед, по-видимому, убитый по распоряжению отца. Воспользовавшись пребыванием Субханкули в Балхе, хивинский хан Ануша опять вторгся в пределы Бухары, произвел сильное опустошение и удалился с большой добычей в Хиву.
Вскоре после этого против Ануша составился заговор, по-видимому, не без участия Бухары. Ануша был схвачен своими приближенными и ослеплен в 1686 г. На его место посадили его сына Эренг Мухаммеда(1686—1688 гг.). Уверенный, по-видимому, в безопасности со стороны Хивы, Субханкули решил теперь осуществить поход на Хорасан, как ему предлагал Бабурид Аурангбез, присылавший к нему специальное посольство. Узбекам удалось овладеть крепостью Бала Мургаб (к северо-востоку от современной Кушки), но в это время Эренг вторгся во владения Субханкули проник до столицы и осадил ее. Субханкули, отправивший все войска в Хорасан, обратился к помощи аталыка Махмуд-бия, который, придя с войском, заставил хивинцев удалиться. По возвращении в Хиву Эренг был убит.
Субханкули-хану было послано извещение, что с его именем провозглашена хутба и стала чеканиться монета. По просьбе хивинцев хан прислал для управления Хорезмом своего наместника. Таким образом, Хорезм снова был временно присоединен к Бухарскому ханству. За свои заслуги перед ханом аталык Махмуд-бий был назначен наместником Балха и Бадахшана. Водворив в Балхе известное спокойствие, Махмуд-бий вступил в борьбу с Яр-беком, владевшим значительной частью Бадахшана. Предлогом к этой борьбе послужила посылка бухарских чиновников для эксплуатации в пользу бухарской казны знаменитых бадахшанских рубиновых копей; Яр-бек не пропустил их туда. Махмуд-бий выступил в 1692 г. в поход и осадил столицу Яр-бека г. Гузган (Файзабад), однако взять его не смог, удовлетворившись получением за два года вперед доходов с рубиновых копей, заключил с Яр-беком мир и вернулся в Балх. Яр-бек остался полновластным правителем, сохранившим с Аштарханидами лишь известные вассальные отношения, которые он не всегда исправно соблюдал. Он управлял Бадахшаном пятьдесят лет (умер в 1706 или 1707 г.); от него повела свое происхождение династия бадахшанских миров, правившая до начала 80-х годов XIX в. В Балхе Махмуд-бий занял совершенно независимое от Бухары положение. Его жестокое управление вызвало ряд восстаний среди окрестных узбекских племен. Главными зачинщиками мятежа были эмиры многочисленного племени курама.
Желая укрепить свой авторитет,Махмуд-бий был вынужден обратиться к Субханкули с просьбой о присылке наместником в Балх его малолетнего внука Мухаммед Муким-султана. Но знать Балха, поддерживаемая населением, провозгласила правителем Балха Салих-ходжу, происходившего из старинной дервишской семьи ходжи Мухаммеда Парса. Депутация кураминцев в Бухаре настойчиво предостерегала Субханкули-хана относительно сепаратистских стремлений аталыка. Субханкули, бессильный сам справиться с могущественным вассалом, стал возбуждать против него бадахшанского владетеля Яр'бека. Отряды воинственных горцев Бадахшана появились в Кундузе — юрте Махмуд-бия. Последний выступил с войском против неприятеля. В его1 отсутствие Субханкули с большим войском, усиленным отрядами казахов и каракалпаков, явился перед стенами Балха и начал осаду, сопровождаемую разорением и грабежом окрестных районов. Салих-ходжа вызвал из похода Махмуд-бия, который призвал на помощь белуджей и арабов, живших в прилегающих к Балху районах. Субханкули вынужден был заключить мир. Наступившие затем феодальные усобицы, мятеж туркмен, восстание кунгратов в Термезе, враждебная позиция Бадахшана, грабежи на больших дорогах парализовали мирную жизнь некогда цветущей и богатой Балхской области.